Entdeckt wurden die beiden Monde schon im Mai 2005, aber im Frühjahr dieses Jahres wurden die Namen von den Mitgliedern des Entdeckerteams aus einer riesigen Liste von Namen ausgewählt und der IAU unterbreitet.
In der Mythologie herrscht Pluto über die Unterwelt. Nyx ist die Göttin der Nacht und die Mutter von Charon, dem Fährmann der die Toten über den Fluss Styx ins Reich von Pluto brachte. Plutos großer Mond, der 1978 von W. Christy entdeckt wurde, wird Charon genannt. Weil aber schon ein Asteroid mit dem Namen Nyx existiert, entschied sich die IAU für die abgewandte Schreibweise und gab dem inneren der beiden Monde den Namen Nix, um Verwechslungen zu vermeiden. Hydra ist in der Mythologie eine neunköpfige Schlange, welche die Unterwelt bewacht.
Plutofreunde sehen indes noch mehr Bedeutung in der Auswahl der beiden Namen. Die Anfangsbuchstaben der beiden Monde N und H sind auch die Anfangsbuchstaben von NASA`s Raumsonde New Horizons, welche im Januar dieses Jahres startete und nun auf ihrem Weg zum fernen Pluto ist, den sie im Sommer 2015 erreichen wird.
Im August dieses Jahres will die IAU eine Entscheidung treffen, ob Pluto den Planetenstatus behält oder nicht, da jenseits von Pluto in den letzten Jahren einige planetenähnliche Objekte entdeckt wurden, ist eine Entscheidung überfällig. Entweder sollten diese Objekte zu Planeten erhoben werden, oder Pluto wird zum Kuipergürtel-Objekt "degradiert".